如果被告公司已经注销，那么需要通过诉讼来维护自己的合法权益。在这种情况下，可以通过以下步骤进行起诉：

　　1.确定案件的管辖法院：根据我国《民事诉讼法》的规定，对于被告公司已注销的案件，应由被告住所地或者经常居住地的基层人民法院管辖。因此，可以选择被告公司的注册地所在的基层人民法院作为管辖法院。

　　2.立案：向法院递交起诉状和相关证据材料（如合同、发票等），并按照法院的立案要求提交相关材料。在递交材料后，法院会进行审查，符合立案条件后会予以立案。

　　3.传唤和调查：法院会在立案后对案件进行调查和取证工作。如果发现有新的证据或情况发生变化，可能会通知当事人补充或变更诉状。同时，也会传唤被告的法定代表人或主要负责人到庭接受询问。

　　4.开庭审理：法院会在调查结束后组织开庭审理。在审理过程中，原告可以就案件事实和证据提出主张，被告则有权进行答辩和反诉。

　　5.判决结果：法院会在查明案情的基础上作出判决。如果被告无法参加诉讼，法院可能会指定其他人员代为应诉。最终，法院会根据查明的事实和法律规定作出相应的判决。

　　6.执行判决：如果被执行人未履行生效法律文书确定的义务，申请人可以向法院申请强制执行。在执行过程中，法院会采取查封、扣押、冻结等措施，确保判决的执行。